Городская поликлиника №2 основана в 1988 году. На основании постановления мэра г. Благовещенска № 2786 от 18.09.2007 года создана МУЗ « Городская поликлиника № 2» которая является юридическим лицом. МУЗ « Городская поликлиника № 2» находилась в ведении Управления здравоохранения администрации г. Благовещенска. 

Приказом № 631 от 27.10.09 года управления здравоохранения Амурской области «О закреплении территории обслуживания амбулаторно-поликлиническими учреждениями г. Благовещенска» присоединены ВОП п. Белогорье и ВОП п. Моховая падь. Численность обслуживаемого населения составила 39026 человек. Поликлиника рассчитана на 350 посещений в смену, работает в две смены.

Муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения "Городская поликлиника №2" г. Благовещенска постановлением правительства Амурской области от 08.10.2012 № 556 "О принятии в собственность Амурской области муниципальных бюджетных учреждений здравоохранения муниципального образования г. Благовещенск" принято с 01.01.2013 в собственность Амурской области. Приказом Министерства здравоохранения Амурской области от 15.10.2012 № 895 Муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения "Городская поликлиника №2" переименовано в государственное бюджетное учреждение здравоохранения Амурской области "Городская поликлиника №2"